Von 2016 bis 2020 wurden im Naturpark Obst-Hügel-Land Schutzmaßnahmen für zwei Kiebitz-Populationen im Rahmen eines regionalen Naturschutzplanes des Landes OÖ. umgesetzt.Trotz der Kleinflächigkeit der umgesetzten Maßnahmen, wurde ein wesentliches Ziel erreicht, die weitgehende Stabilisierung des Brutbestandes. Das Projekt soll nun bis 2022 weitergeführt werden.
Im Rahmen des Artenschutzprojektes „Nachtfalter Oberösterreichs“ wurde von Ende April bis Mitte Mai 2019 und nochmals von Mitte April bis Anfang Mai 2020 das Vorkommen der stark gefährdeten Eulenfalterart (Noctuidae) Atethmia ambusta (Birnbaumeule) in Birnbaumbeständen des Naturparks Obst-Hügel-Land in den Gemeinden Scharten und Sankt Marienkirchen an der Polsenz untersucht. Die wärmeliebende Art ist in Oberösterreich auf den östlichen Zentralraum beschränkt und fast nur unter 400 m Seehöhe zu finden. Ältere Funde der Birnbaumeule aus Scharten belegen, dass der Naturpark mit seinen Streuobstwiesen und Baumzeilen mit Kultur-Birnbäumen (Raupenfutterpflanzen) einen geeigneten Lebensraum für diese Art darstellt. Im Rahmen der Kartierung konnten insgesamt drei Raupen von Atethmia ambusta in der Laubstreu am Stammfuß von Mostbirnbäumen an drei verschiedenen Standorten (alle in der Gemeinde Scharten gelegen) nachgewiesen werden.
Bechsteinfledermäuse (Myotis bechsteinii) werden in der Roten Liste Österreichs als gefährdet geführt. In Oberösterreich sind mit Stand 2020 sechs Gebiete mit Bechsteinfledermaus-Wochenstuben bekannt. Zwei dieser bekannten Wochenstuben-Kolonien befinden sind im Gebiet des Naturparks Obst-Hügel-Land. Die Wochenstube im Gemeindegebiet St. Marienkirchen an der Polsenz wurde in den letzten Jahren durch Fangaktionen während sogenannter „Bat Nights“ immer wieder bestätigt. Die Bechsteinfledermaus-Wochenstube rund um die „Mair z’Edt-Teiche“ in der Gemeinde Scharten hingegen wurde 2010 das letzte Mal sicher nachgewiesen. Im Juli 2010 wurden dort drei subadulte Bechsteinfledermäuse mit Hilfe von Netzen gefangen.
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